Der 1732 in Rohrau geborene Meister wohnte seit 1766 im Musikerhaus (heute Pfarrheim) neben der Kirche bis zur Übersiedlung in sein eigenes Haus (heute Haydngasse). Er war erster Kapellmeister im Dienste der Fürsten Esterhàzy.
Als sein Leichnam auf Wunsch von Fürst Nikolaus II. von Wien nach Eisenstadt überführt werden sollte, stellte man das Fehlen des Kopfes fest. Dieser war nach der Bestattung vom übrigen Körper getrennt worden und galt lange Zeit als verschollen. Anhänger der sogenannten"Gallschen Schädellehre" versuchten damit ihre Theorien über das Genie zu bekräftigen.
Mit einem falschen Kopf wurde der Leichnam Haydns schließlich in der Krypta der Kirche bestattet. Erst 1932 ließ Dr. Paul Esterhàzy im linken Seitentrakt der Kirche unter dem Nordturm ein Mausoleum errichten und bemühte sich um die Rückerstattung des Schädels, der nach langen "Irrfahrten" 1895 in den Besitz der Gesellschaft der Wiener Musikfreunde gelangt war.
Nach den Plänen des Architekten Franz Kraus entstand ein runder Kuppelraum. Der Bildhauer Oskar Thiede schuf einen reichverzierten Sarkophag aus weißem Marmor. An den Wänden sind allegorische Darstellungen der vier Jahreszeiten aus Sankt Margarethener Sandstein in Anspielung auf das Oratorium Joseph Haydns angebracht. Den Sarkophag schmücken die Anfangsnoten der "Kaiserhymne". Aber noch immer gelang es nicht, den Schädel zu erhalten. Der Tag der Weihe war bereits festgelegt. Sie wurde abgesagt. Der schwer gekränkte Fürst ließ den Raum verschließen und von niemandem betreten. Erst im Jahr 1954 wurde der Kopf Haydns in einer feierlichen Prozession mit dem übrigen Skelett verbunden.
Der Bildhauer Gustinus Ambrosi durfte das Granium in den Sarkophag legen. Damit endete die schaurige Geschichte von Joseph Haydns Kopf.
In Vorbereitung des Haydnjahres 2009 wurde das Mausoleum mit dem Sarkophag Joseph Haydns gereinigt und restauriert. Zudem wurde der Eingangsbereich der Bergkirche neu gestaltet (Architekt Hannes Traupmann).